À Damphreux, deux zones marécageuses (étangs des Coeudres et prairies humides de Pratchie) sont des bas-marais d'importance nationale. De plus, les étangs des Coeudres sont un site d'importance nationale pour la reproduction des Batraciens. Ils sont aussi le lieu d'escale des Limicoles le plus important du Canton du Jura et on peut y observer de nombreuses espèces d'oiseaux migrateurs à toute saison.
En près de 15 ans d'activité, la FMD est devenue propriétaire d'une trentaine d'hectares et de plusieurs étangs. Ces derniers sont en mauvais état, les digues ont minée par les rats musqués. La réfection de ces plan d'eau a débuté fin 2007.
Lors de la mise sur pied du plan de gestion du site, l'accent est mis sur les couloirs de migration des petits animaux. Les points fort de la fondation sont:
- prise en compte du paysage et du cadre de vie;
- revitalisation des milieux humides;
- partenariat avec les exploitants agricoles;
- suivi des espèces;
- observation des migrations;
- interprétation pédagogique;
- tourisme doux.